Contexto y antecedentes del caso

El Ministerio de Transporte habilitó en 2007 al establecimiento de comercio conocido como CDA San Pedro para operar como centro de diagnóstico automotor. En 2009, la Superintendencia de Puertos y Transporte abrió una investigación administrativa contra dicho centro y, mediante resolución, declaró responsable al CDA por incumplimientos en sus obligaciones, solicitando la cancelación de su habilitación. Esta sanción fue confirmada en recursos posteriores por la misma Superintendencia. Sin embargo, en 2013, la Sección Primera del Consejo de Estado declaró la nulidad del artículo 12 de la Resolución 3500 de 2005, norma que establecía las causales para cancelar la habilitación de los CDA. Dicha nulidad se basó en la violación del principio de legalidad, pues la potestad sancionatoria para crear conductas sancionables corresponde exclusivamente al Congreso de la República. Pese a esta declaratoria, en 2014, el Ministerio de Transporte expidió una resolución para cancelar la habilitación del CDA San Pedro, en cumplimiento de la sanción impuesta por la Superintendencia. La sociedad propietaria del CDA interpuso demanda de nulidad y restablecimiento del derecho contra este acto.

Decisión judicial y fundamentos

El Tribunal Administrativo de Santander declaró la nulidad de la resolución de 2014 y ordenó la habilitación del CDA San Pedro, además de condenar al Ministerio de Transporte al pago de indemnizaciones por lucro cesante y daño emergente. No obstante, la entidad demandada apeló la sentencia, argumentando que el acto impugnado era un acto de ejecución y no susceptible de control judicial. En segunda instancia, el Consejo de Estado confirmó que el acto administrativo del Ministerio de...