Contexto y antecedentes del caso

La providencia judicial se originó a partir de una acción de tutela presentada por una trabajadora vinculada laboralmente a una empresa, quien fue diagnosticada con un carcinoma infiltrante de mama, grado histológico 3. La paciente, afiliada a una Entidad Promotora de Salud (EPS) y vinculada a un fondo de pensiones, solicitó la protección de sus derechos fundamentales debido al incumplimiento en el pago de sus incapacidades médicas derivadas de su tratamiento oncológico. Según la demanda, la accionante recibió diversas incapacidades médicas ordenadas por el especialista en oncología, con períodos que van desde mayo de 2024 hasta mayo de 2025, las cuales no fueron pagadas en su totalidad por la EPS ni por el fondo de pensiones. Frente a esta situación, la accionante argumentó que la omisión en los pagos ha afectado su estabilidad económica y vulnerado sus derechos a la dignidad humana, al mínimo vital y a la seguridad social. El Juzgado 60 Penal del Circuito con Función de Conocimiento de Bogotá admitió la acción de tutela y en sentencia del 8 de mayo de 2025 concedió el amparo, ordenando a la EPS y al fondo de pensiones el pago de las incapacidades adeudadas, dividiendo la responsabilidad según las fechas de reconocimiento estipuladas en la ley. Sin embargo, tanto la EPS como el fondo de pensiones impugnaron la decisión.

Competencia y trámite procesal

El Tribunal Superior del Distrito Judicial de Bogotá, como superior funcional del juzgado de primera instancia, conoció la impugnación presentada por ambas entidades. En el análisis preliminar, el tribunal advirtió que en primera instancia sólo se había concedido la impugnación del fondo de pensiones pero no la de la EPS, por lo cual decidió estudiar ambas para evitar nulidades y demoras en la administración de justicia. La controversia central se centró en la correcta asignación del pago de incapacidades médicas, en atención a los plazos y requisitos establecidos en la normativa colombiana en materia de seguridad social y al cumplimiento del debido proceso.

Consideraciones jurídicas y cambios introducidos

El tribunal recordó que el marco normativo vigente establece que:

• Los primeros dos días de incapacidad son pagados por el empleador (Decreto 2943 de 2013).
• Del día 3 hasta el día 180, la EPS es responsable del pago (Decreto 2943 de 2013).
• Del día 181 hasta el 540, el fondo de pensiones asume el pago (Ley 962 de 2005).
• Del día 541 en adelante, vuelve a ser responsabilidad de la EPS (Ley 1753 de 2015).

Además, la jurisprudencia constitucional indica que la EPS debe emitir un concepto de rehabilitación —favorable o desfavorable— antes de que la persona alcance 120 días de incapacidad, y remitirlo a la Administradora de Fondos de Pensiones (AFP) antes del día 150. Si la EPS no emite este concepto en tiempo, debe asumir el pago desde el día 181. En el caso analizado, el tribunal determinó que la EPS remitió el concepto de rehabilitación con retraso —el 19 de diciembre de 2024, cuando la paciente ya tenía más de 180 días de incapacidad—, por lo cual la EPS debe asumir el pago hasta esa fecha, y el fondo de pensiones desde entonces hasta el día 540. Esta corrección modifica la interpretación inicial del juzgado que había considerado erróneamente que el concepto se emitió el 16 de diciembre. Se aclaró también la procedencia del pago de incapacidades prospectivas, emitidas con fundamento en la prolongación de la enfermedad y sustentadas en la historia clínica, lo que implica que deben reconocerse y pagarse los períodos correspondientes, incluso si la fecha de expedición fue posterior al inicio de la incapacidad. Asimismo, el tribunal corrigió la contabilización de incapacidades superpuestas, ordenando reconocer únicamente una en cada período coincidente para evitar pagos duplicados. Finalmente, se ordenó vincular a la Dirección de Medicina Laboral del fondo de pensiones para asegurar el cumplimiento diligente y efectivo del fallo, en respuesta a la solicitud planteada por las partes accionadas.

Conclusión de la decisión y efectos

La Sala Penal del Tribunal Superior de Bogotá modificó la sentencia de tutela de primera instancia en cuanto a los tiempos de reconocimiento y pago de incapacidades médicas, asignando a la EPS la obligación de pagar hasta la fecha de emisión del concepto de rehabilitación (19 de diciembre de 2024) y al fondo de pensiones desde esa fecha hasta el día 540 de incapacidad. Se estableció un plazo de cuarenta y ocho horas para que ambas entidades efectúen los pagos correspondientes, y se vinculó a la Dirección de Medicina Laboral para garantizar el cumplimiento del fallo. Contra esta providencia no procede recurso alguno, y se remitió copia a la Corte Constitucional para su eventual revisión. Este pronunciamiento reafirma la importancia del respeto a los términos legales y a los derechos fundamentales en el ámbito de la seguridad social, especialmente en casos de enfermedades graves que afectan la dignidad y el mínimo vital de los ciudadanos. Así, se garantiza que las instituciones responsables cumplan con sus obligaciones de manera oportuna, protegiendo los derechos de los pacientes en situaciones de vulnerabilidad.