Contexto y antecedentes del caso

La providencia fue proferida por la Sala de Decisión Tercera del Tribunal Administrativo de Boyacá, en segunda instancia, mediante sentencia del 14 de abril de 2026. Se resolvió un recurso de apelación interpuesto por la entidad demandada contra la sentencia del 28 de mayo de 2021, emitida por el Juzgado Administrativo Transitorio de Tunja en primera instancia. El proceso se originó por la demanda presentada por un servidor público vinculado a la Nación – Rama Judicial – Dirección Ejecutiva de Administración Judicial, quien solicitó la nulidad de actos administrativos que negaban el reconocimiento de la bonificación judicial como factor salarial y prestacional para la reliquidación de sus prestaciones sociales. La demanda también incluyó la solicitud de inaplicación parcial del Decreto 383 de 2013, que limitaba el carácter salarial de la bonificación judicial únicamente para fines de cotización al Sistema General de Pensiones y Seguridad Social en Salud. El demandante demostró que trabajaba de manera continua para la entidad desde antes de la expedición del decreto y que, pese a recibir la bonificación judicial, esta no había sido considerada para el cálculo de sus prestaciones sociales. La entidad demandada negó la solicitud mediante oficio administrativo y no presentó defensa dentro del término legal.

Consideraciones jurídicas de la Sala

La Sala confirmó la sentencia de primera instancia, fundamentando su decisión en que la bonificación judicial tiene naturaleza salarial plena, al ser un pago habitual y periódico que constituye contraprestación directa por el servicio prestado. Este criterio se alinea con el concepto de salario definido en la Constitución Política, el Código Sustantivo del Trabajo y el Derecho Internacional, en particular el Convenio 095 de 1949 de la OIT, ratificado por Colombia. Se resaltó que la limitación establecida en el artículo 1° del Decreto 383 de 2013, que restringía el carácter salarial de la bonificación únicamente para la base de cotización en salud y pensión, vulnera los artículos 25 y 53 de la Constitución Política, así como los principios de primacía de la realidad, favorabilidad y protección de derechos laborales mínimos. En consecuencia, se aplicó la excepción de inconstitucionalidad para inaplicar dicha expresión normativa en el caso concreto. Asimismo, la Sala abordó la cuestión de la prescripción, declarando la extinción de derechos laborales anteriores al 11 de septiembre de 2014, incluida la prescripción sobre cesantías, en concordancia con la legislación aplicable y la jurisprudencia del Consejo de Estado. Se ordenó la reliquidación de las prestaciones sociales del demandante desde esa fecha hasta la actualidad, incluyendo la bonificación judicial como factor salarial y aplicando los reajustes legales correspondientes. Finalmente, la Sala rechazó el argumento de la entidad demandada relativo a la imposibilidad presupuestal para reconocer estos pagos, recordando que la estabilidad financiera del Estado no puede prevalecer sobre la garantía de los derechos fundamentales.

Decisión y efectos

El Tribunal Administrativo de Boyacá:

• Aceptó el impedimento de un magistrado por haber conocido el proceso en instancia anterior.
• Modificó la sentencia de primera instancia para declarar la prescripción de derechos laborales anteriores al 11 de septiembre de 2014, incluidas las cesantías.
• Declaró la nulidad de los actos administrativos cuestionados, incluido el acto administrativo tácito negativo por falta de resolución del recurso de apelación.
• Ordenó la reliquidación y pago retroactivo de todas las prestaciones sociales causadas desde la fecha indicada, incorporando la bonificación judicial como factor salarial pleno.
• Confirmó en lo demás la sentencia apelada y no impuso condena en costas en esta instancia.

Esta sentencia reitera la importancia del respeto a los estándares constitucionales y laborales en la definición del salario y prestaciones sociales de los servidores públicos, reafirmando la prevalencia de la realidad sobre las formalidades y la protección de los derechos adquiridos. Con esta decisión, se fortalece la defensa de los derechos laborales y se establece un precedente relevante para futuras controversias relacionadas con el reconocimiento de beneficios salariales en el sector público.