Contexto y naturaleza de la decisión

El Tribunal Administrativo de Boyacá, en segunda instancia, conoció el recurso de apelación contra la sentencia proferida por el Juzgado Administrativo Transitorio del Circuito Judicial de Tunja, en un proceso de nulidad y restablecimiento del derecho contra la Nación – Fiscalía General de la Nación. La providencia adoptada el 16 de abril de 2026 confirma parcialmente la sentencia de primera instancia, revocando y modificando aspectos relacionados con la reliquidación del auxilio de cesantías.

Antecedentes fácticos y procesales

La demanda fue instaurada por servidores de la Fiscalía General de la Nación, vinculados desde 1992, quienes solicitaron la aplicación de la excepción de inconstitucionalidad e ilegalidad frente a la restricción establecida en el artículo 1º del Decreto 382 de 2013. Este decreto establecía que la bonificación judicial constituiría factor salarial únicamente para la base de cotización al Sistema General de Pensiones y al Sistema General de Seguridad Social en Salud, excluyéndola de la base liquidatoria de prestaciones sociales. Los demandantes solicitaron la nulidad de los actos administrativos que negaron el reconocimiento pleno de esta bonificación como factor salarial y pidieron la reliquidación de sus prestaciones sociales desde 2013, con el pago de diferencias e intereses. En primera instancia, el juzgado accedió parcialmente a estas pretensiones, declarando la inconstitucionalidad de dicha restricción y ordenando la reliquidación, aunque negó la reliquidación del auxilio de cesantías.

Consideraciones jurídicas principales

El Tribunal recordó que la bonificación judicial fue creada mediante Decreto 382 de 2013 en desarrollo de la Ley 4 de 1992, que regula el régimen salarial y prestacional de los servidores públicos de la Fiscalía General de la Nación. La norma establecía una limitación al carácter salarial de la bonificación, restringiéndola solo para efectos de cotización a salud y pensión. Sin embargo, el Tribunal enfatizó que, conforme al artículo 127 del Código Sustantivo del Trabajo y al Convenio 95 de la Organización Internacional del Trabajo, el concepto de salario incluye todas las sumas habituales y periódicas que constituyen contraprestación directa por el trabajo, sin importar denominaciones legales o formales. La Sala sostuvo que la exclusión de la bonificación judicial como factor salarial para la liquidación de prestaciones sociales vulnera los artículos 25 y 53 de la Constitución Política, que protegen el trabajo y garantizan condiciones dignas y justas, además de desatender principios de favorabilidad, irrenunciabilidad y primacía de la realidad. Por tanto, la restricción impuesta por el decreto resulta inconstitucional en el caso concreto y procede su inaplicación para efectos de reliquidación. Respecto al auxilio de cesantías, el Tribunal revocó la decisión de primera instancia que negó su reliquidación, argumentando que la bonificación judicial también debe incluirse como factor salarial para este concepto, dado que constituye una prestación social periódica y que el acto administrativo que negó su reconocimiento es susceptible de control judicial. Finalmente, la Sala confirmó la prescripción de derechos laborales ocurrida para periodos anteriores al 5 de septiembre de 2016, conforme a la reclamación administrativa presentada en 2019.

Decisión y efectos

El Tribunal Administrativo de Boyacá ordenó:

• Revocar la parte de la sentencia que negó la reliquidación del auxilio de cesantías.
• Modificar la sentencia para incluir la bonificación judicial como factor salarial en la reliquidación de todas las prestaciones sociales de los demandantes desde el 5 de septiembre de 2016 y mientras continúen en la entidad.
• Confirmar en lo demás el fallo de primera instancia.
• Abstenerse de condenar en costas en esta instancia.

Esta decisión reafirma la protección constitucional y laboral de los servidores públicos, estableciendo que la bonificación judicial debe ser considerada salario integral para todos los efectos legales, reforzando así la seguridad jurídica en materia salarial y prestacional en el sector público. Con este fallo, se garantiza un trato justo y equitativo para los servidores de la Fiscalía General de la Nación, asegurando el respeto de sus derechos laborales y el cumplimiento de las normas constitucionales y legales vigentes.