Contexto y antecedentes del caso

La Sala de lo Contencioso Administrativo, Sección Primera del Consejo de Estado conoció en segunda instancia el recurso de apelación interpuesto contra la sentencia del Tribunal Administrativo de Cundinamarca, que había declarado la nulidad de varios actos administrativos expedidos por la Superintendencia de Puertos y Transporte. La controversia surgió a partir de la liquidación oficial de revisión ordenada en 2015, la cual exigía a una empresa aeronáutica el pago de saldos por concepto de tasa de vigilancia correspondientes a los años fiscales 2013 y 2014. El artículo 27, numeral 27.2, de la Ley 1ª de 1991 estableció que la Superintendencia debía cobrar a sociedades portuarias y operadores portuarios una tasa basada en sus ingresos brutos para cubrir los costos de funcionamiento. Posteriormente, el artículo 89 de la Ley 1450 de 2011 amplió esta obligación a todos los sujetos de vigilancia, inspección y control de la Superintendencia, incluyendo los costos de funcionamiento y de inversión dentro de la base gravable, con un tope máximo del 0,1% de los ingresos brutos. Sin embargo, la Corte Constitucional, mediante la sentencia C-218 de 2015, declaró inexequible la expresión “y/o inversión” y el inciso segundo del artículo 89 de la Ley 1450, al considerar que generaban un trato desigual e injustificado entre los antiguos y nuevos vigilados, violando el principio de igualdad tributaria. La declaratoria tuvo efectos ex nunc, es decir, hacia el futuro a partir del 23 de abril de 2015.

Desarrollo procesal y argumentos de las partes

La empresa demandante interpuso acción de nulidad y restablecimiento del derecho contra tres resoluciones: la que...