Contexto y antecedentes del conflicto

El conflicto judicial surgió a raíz de una demanda presentada por una entidad promotora de salud (EPS) contra la Secretaría de Gobierno del Distrito Capital. La EPS solicitó la nulidad de una resolución administrativa que le ordenaba reembolsar una suma superior a nueve millones de pesos por incapacidades laborales que la Secretaría había pagado a sus servidores vinculados. Además, la EPS pidió que se declarara que no estaba obligada a realizar dichos pagos y, en subsidio, la restitución de valores ya cancelados, junto con el reconocimiento de intereses moratorios y perjuicios. El origen de esta controversia se encuentra en el trámite de reconocimiento y pago de incapacidades por enfermedad general y licencias, que conforme a la normatividad vigente deben gestionarse directamente entre el empleador y la EPS. La Secretaría, como empleadora, reportó salarios variables de sus servidores durante varios años y solicitó en diversas ocasiones el reembolso de incapacidades, algunas de las cuales la EPS estimó improcedentes por prescripción, falta de certificación laboral o por haberse expedido fuera de la red de prestación de servicios autorizada.

Desarrollo procesal y planteamiento del conflicto

Inicialmente, el proceso fue asignado al Juzgado Sexto Administrativo, que declaró su incompetencia y remitió el expediente a la Sección Cuarta. Posteriormente, el Juzgado Treinta y Nueve Administrativo también se declaró incompetente y envió el caso a la Sección Segunda. Ante esta situación, el Juzgado Doce Administrativo, de la Sección Segunda, consideró que el conflicto debía resolverse mediante la figura del conflicto negativo de competencia y remitió el expediente al Tribunal Administrativo de Cundinamarca para que determinara el juzgado competente.

Consideraciones jurídicas y decisión del Tribunal

El magistrado ponente, con base en la modificación introducida por la Ley 2080 de 2021 al artículo 158 de la Ley 1437 de 2011, señaló que el conflicto entre jueces administrativos del mismo distrito judicial debe ser resuelto por el magistrado ponente del tribunal administrativo respectivo. Para definir la competencia, se tuvo en cuenta la estructura organizativa de los juzgados administrativos de Bogotá, que se dividen en secciones con atribuciones específicas. En particular:

Sección	Competencia principal
Primera	Procesos de nulidad y restablecimiento del derecho no asignados a otras secciones.
Segunda	Procesos laborales de nulidad y restablecimiento del derecho.
Cuarta	Procesos relativos a impuestos, tasas, contribuciones y jurisdicción coactiva.

Dado que la controversia se centra en la obligación de la EPS de reconocer y pagar incapacidades laborales reembolsadas por la entidad territorial, y considerando que el trámite para el reconocimiento de incapacidades debe ser gestionado por el empleador ante la EPS, el Tribunal concluyó que el asunto es de naturaleza laboral y, por ende, corresponde a la Sección Segunda. El magistrado resaltó que la demanda involucra cuestiones relacionadas con la prescripción de las prestaciones económicas, la legalidad de la red prestadora, límites legales para el reconocimiento de días de incapacidad y pagos previos, aspectos que deben ser resueltos por el juez especializado en materia laboral.

Resolución del conflicto

Por lo anterior, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca dictó auto en el que:

Declara que el Juzgado Doce Administrativo del Circuito Judicial de Bogotá, Sección Segunda, es competente para conocer el proceso de nulidad y restablecimiento del derecho promovido por la EPS contra la Secretaría de Gobierno del Distrito Capital.
Ordena remitir el expediente a dicho juzgado para que continúe con el trámite judicial.
Comunica la decisión al Juzgado Treinta y Nueve Administrativo para los fines pertinentes.
Dispone la desactivación del proceso en el sistema electrónico correspondiente, una vez cumplidas las órdenes.

Esta decisión establece un precedente importante sobre la competencia en procesos relacionados con incapacidades laborales reclamadas entre entidades públicas y EPS, enfatizando la correcta asignación jurisdiccional conforme a la naturaleza jurídica del asunto y la organización jurisdiccional vigente. De esta manera, se garantiza una adecuada administración de justicia en conflictos laborales vinculados a la salud y prestaciones económicas, asegurando que los procesos sean tramitados por la autoridad judicial competente.

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Tribunal Administrativo de Cundinamarca define competencia en conflicto sobre reembolso de incapacidades laborales entre Aliansalud EPS y Secretaría de Gobierno de Bogotá

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