Providencia judicial y tribunal competente

La Sala de Decisión No. 5 del Tribunal Administrativo de Boyacá resolvió un recurso de apelación interpuesto por la Fiscalía General de la Nación contra la sentencia de primera instancia dictada por el Juzgado Administrativo Transitorio del Circuito Judicial de Tunja. La providencia, emitida el 12 de febrero de 2026, corresponde a un fallo de segunda instancia en un proceso de nulidad y restablecimiento del derecho.

Antecedentes fácticos y procesales

El demandante, quien ejerció funciones como fiscal delegado ante los jueces del circuito de Sogamoso desde 2009, solicitó mediante derecho de petición el reconocimiento y pago de la prima especial del 30% descontada ilegalmente de su salario, así como la reliquidación y pago de prestaciones sociales y aportes pensionales correspondientes. La Fiscalía General de la Nación negó la solicitud mediante un acto administrativo emitido en marzo de 2021. El juzgado de primera instancia declaró la nulidad de dicho acto administrativo y condenó a la Fiscalía a pagar la prima especial del 30%, calculada sobre el 100% del salario básico, desde marzo de 2018 hasta la vigencia de la relación laboral. Además, ordenó la indexación de las sumas y reconoció la prescripción parcial de derechos laborales anteriores a marzo de 2018, excepto los aportes pensionales. La Fiscalía apeló la condena, solicitando limitar el pago de la prima especial hasta diciembre de 2020, argumentando que desde enero de 2021 se reconocía dicho pago conforme al Decreto 272 de 2021. Asimismo, cuestionó la condena sobre los aportes pensionales, señalando falta de motivación y análisis en la sentencia.

Consideraciones y fundamentos jurídicos

El Tribunal, tras admitir el recurso de apelación, analizó la naturaleza jurídica de la prima especial de servicios establecida en el artículo 14 de la Ley 4 de 1992 y su regulación complementaria en la Ley 476 de 1998. Se reafirmó la jurisprudencia del Consejo de Estado, que reconoce la prima especial como un incremento salarial con efectos en la base de liquidación pensional para los fiscales que se acogieron al régimen salarial establecido en el Decreto 53 de 1993 o que se vincularon posteriormente. Respecto a la prescripción, el Tribunal confirmó que los derechos laborales están sujetos a un término de tres años contado desde la reclamación administrativa, pero que los aportes pensionales son imprescriptibles debido a su naturaleza periódica y obligatoria según el artículo 17 de la Ley 100 de 1993. Sobre el argumento de la Fiscalía para limitar el pago de la prima especial hasta diciembre de 2020, el Tribunal constató que no se aportaron pruebas suficientes que acreditaran el reconocimiento efectivo de esta prima desde enero de 2021, por lo que confirmó la condena en los términos originales, con la aclaración de descontar las sumas ya pagadas en su oportunidad. Finalmente, se aclaró que la sentencia de primera instancia no ordenó la reliquidación ni pago de aportes pensionales de forma directa, sino que declaró probada la excepción de prescripción para derechos laborales anteriores a marzo de 2018, exceptuando los aportes pensionales, los cuales deberán ser pagados con base en el 30% correspondiente a la prima especial, desde septiembre de 1998.

Decisión y efectos

El Tribunal Administrativo de Boyacá aceptó el impedimento planteado por una magistrada y procedió a adicionar los numerales segundo y tercero de la sentencia de primera instancia para precisar la obligación de pago de aportes pensionales y el reconocimiento de la prima especial como factor salarial desde 2018 hasta la vigencia del vínculo laboral. Se confirmó en lo demás la sentencia apelada y se abstuvo de condenar en costas en segunda instancia. Esta providencia reafirma los derechos de los funcionarios públicos en materia salarial y pensional, estableciendo límites claros sobre la prescripción y el reconocimiento de prestaciones sociales en la administración pública. Así, sienta un precedente importante para casos similares, garantizando el respeto a las condiciones laborales y la protección de los derechos adquiridos por los servidores públicos.