Contexto y naturaleza de la decisión

El pasado 25 de marzo de 2026, la Sala de Decisión Tercera del Tribunal Administrativo de Boyacá, en segunda instancia, dictó un auto que confirmó la sentencia proferida por el Juzgado Administrativo Transitorio del Circuito Judicial de Tunja el 29 de abril de 2025. La providencia judicial resuelve la apelación interpuesta por la Fiscalía General de la Nación contra la decisión que accedió a una demanda de nulidad y restablecimiento del derecho, relacionada con la aplicación y efectos de la bonificación judicial establecida por el Decreto 382 de 2013.

Antecedentes del caso

Una servidora pública vinculada a la Fiscalía General desde 1996 solicitó mediante acción de nulidad y restablecimiento del derecho la inaplicación de la expresión "constituirá únicamente factor salarial para la base de cotización al Sistema General de Pensiones y al Sistema General de Seguridad Social en Salud" contenida en el artículo 1º del Decreto 382 de 2013. Esta restricción había impedido que la bonificación judicial fuera considerada para la liquidación integral de sus prestaciones sociales, tales como cesantías, primas, vacaciones, y demás emolumentos. La Fiscalía General negó la solicitud de reconocimiento integral de la bonificación judicial como factor salarial, fundamentando su decisión en que el decreto había sido producto de un proceso legítimo de negociación colectiva y que la bonificación tenía carácter salarial limitado a efectos de cotización en salud y pensiones, conforme a criterios de sostenibilidad fiscal y normativa vigente. El Juzgado Administrativo de primera instancia declaró la nulidad de los actos administrativos que negaron la inclusión de la bonificación judicial como factor salarial en la liquidación de prestaciones sociales, ordenando su reliquidación con los reajustes legales correspondientes a partir del 3 de octubre de 2020, atendiendo la prescripción de derechos laborales.

Consideraciones jurídicas de la Sala

El Tribunal reafirmó que la bonificación judicial, percibida de forma habitual y periódica como contraprestación directa por los servicios prestados, tiene naturaleza salarial conforme a los principios constitucionales y laborales. En particular, se destacó la prevalencia de la realidad sobre las formalidades, principio consagrado en los artículos 25 y 53 de la Constitución Política. El Tribunal aplicó la excepción de inconstitucionalidad al artículo 1º del Decreto 382 de 2013 que restringía el carácter salarial de esta bonificación, dado que dicha limitación resulta contraria a la Constitución, a la legislación laboral y a los tratados internacionales, especialmente el Convenio 100 de la Organización Internacional del Trabajo, que garantizan la igualdad de remuneración. Además, se enfatizó que la facultad del Ejecutivo para definir los componentes salariales no es absoluta y debe ejercerse en armonía con los derechos fundamentales y los estándares del derecho laboral. La negativa de la Fiscalía a reconocer la bonificación como factor salarial integral desconocía estos principios, afectando derechos mínimos laborales. Respecto a la prescripción, la Sala confirmó que corresponde aplicar el término de tres años para reclamar diferencias en prestaciones sociales, computado desde la fecha de presentación de la reclamación administrativa, limitando así la obligación de reliquidación a los periodos no prescritos.

Decisión y efectos

El Tribunal confirmó en todas sus partes la sentencia de primera instancia, ordenando a la Fiscalía General de la Nación reliquidar y pagar las prestaciones sociales de la servidora pública demandante, incluyendo la bonificación judicial como factor salarial para todos los efectos legales, dentro de los límites establecidos por la prescripción. Finalmente, no se impuso condena en costas en esta instancia y se dispuso la remisión del expediente al despacho de origen una vez la providencia quede en firme. Esta decisión representa un pronunciamiento relevante sobre la interpretación del concepto de salario en el sector público y la protección de los derechos laborales frente a limitaciones normativas que restrinjan beneficios con naturaleza salarial, reafirmando el compromiso judicial con la defensa de los derechos fundamentales de los servidores públicos y la correcta aplicación de las normas laborales vigentes.