Contexto y antecedentes del caso

El Tribunal Administrativo de Boyacá, en su Sala de Decisión No. 5, conoció el recurso de apelación interpuesto por la Fiscalía General de la Nación contra la sentencia proferida por el Juzgado Administrativo Transitorio del Circuito Judicial de Tunja, el 29 de noviembre de 2024. En primera instancia, se accedió parcialmente a la demanda presentada por una funcionaria que ejercía el cargo de Fiscal Segunda en Puerto Boyacá desde enero de 2011, quien solicitó el reconocimiento y pago de la prima especial de servicios, así como las diferencias en cotizaciones a pensión derivadas de esta. La demanda se originó tras la negativa de la Fiscalía a reconocer esta prima, mediante acto administrativo fechado en junio de 2019, y la omisión de respuesta al recurso de apelación interpuesto. La actora solicitó la nulidad del acto administrativo y el restablecimiento del derecho, exigiendo el pago retroactivo desde enero de 2011 y la actualización de las sumas.

Consideraciones jurídicas y fundamentos de la decisión

El tribunal de primera instancia declaró la nulidad del acto administrativo y del silencio administrativo que configuró un acto ficto negativo, reconociendo la existencia del derecho a la prima especial establecida en el artículo 14 de la Ley 4 de 1992. Sin embargo, limitó el pago retroactivo a partir del 15 de abril de 2016, con base en el fenómeno de prescripción extintiva aplicable a derechos laborales causados con anterioridad. En segunda instancia, la Fiscalía General de la Nación apeló la decisión, argumentando que los aportes a pensión derivados de esta prima deberían estar sujetos a prescripción y que el reconocimiento económico debía limitarse hasta diciembre de 2020, dado que desde enero de 2021 se le ha venido reconociendo y pagando la prima especial conforme a un decreto vigente. El Tribunal Administrativo de Boyacá, tras analizar el marco normativo y jurisprudencial, recordó que la fijación del régimen salarial y prestacional de los empleados públicos corresponde al Gobierno Nacional, conforme al artículo 150 numeral 19 literal e) de la Constitución Política. Señaló que la Ley 4 de 1992 estableció una prima especial de servicios entre el 30% y el 60% del salario básico, con carácter no salarial, para ciertos funcionarios públicos, incluyendo a magistrados y fiscales delegados. No obstante, la Ley 476 de 1998 aclaró que para los fiscales que se acogieron a la escala salarial establecida en el Decreto 53 de 1993 o se vincularon posteriormente, la prima especial tiene carácter salarial para efectos de la liquidación pensional. El tribunal recordó la sentencia de unificación del Consejo de Estado (SUJ-023-CE-S2-2020) que estableció que la prima especial constituye un incremento del salario básico y que los empleados públicos de la Fiscalía tienen derecho a que este 30% sea considerado para la liquidación pensional. Además, definió que la prescripción para reclamar esta prima y sus diferencias es de tres años a partir de la reclamación administrativa, y que los aportes a pensión son imprescriptibles debido a su naturaleza periódica. Así, el tribunal confirmó que la funcionaria tenía derecho a la prima especial desde abril de 2016 y que los aportes pensionales derivados de ella debían ser realizados tanto por la empleadora como por la empleada sin que opere la prescripción. Finalmente, se reconoció que la Fiscalía ha pagado la prima especial desde enero de 2021, por lo que se modificó la sentencia de primera instancia para limitar el pago retroactivo hasta el 31 de diciembre de 2020.

Decisión final y efectos

El Tribunal Administrativo de Boyacá aceptó el impedimento de una magistrada por conflicto de interés y, en consecuencia, la Sala de Decisión No. 5 emitió la sentencia definitiva. Se modificó el numeral quinto de la sentencia de primera instancia para limitar el pago de la prima especial al período comprendido entre el 15 de abril de 2016 y el 31 de diciembre de 2020, confirmando en lo demás la decisión inicial. No se impusieron costas en esta segunda instancia, debido a la ausencia de actuaciones procesales relevantes por parte de las partes. La providencia reafirma la obligación de las entidades públicas de reconocer y pagar la prima especial de servicios con carácter salarial para efectos pensionales, así como de realizar las cotizaciones respectivas, conforme a la legislación y jurisprudencia vigentes. Esta decisión representa un importante pronunciamiento sobre la interpretación y aplicación de beneficios laborales para funcionarios públicos en Colombia, en especial en lo que respecta a los efectos pensionales de la prima especial de servicios, garantizando así el respeto a los derechos adquiridos y la correcta liquidación de las prestaciones sociales en el sector público.