Contexto y competencia

El Tribunal Administrativo de Boyacá, Sala de Decisión No. 6, en segunda instancia, conoció el recurso de apelación interpuesto por la Fiscalía General de la Nación contra la sentencia del 12 de diciembre de 2023 proferida por el Juzgado Administrativo Transitorio de Tunja, que accedió parcialmente a la demanda de nulidad y restablecimiento del derecho presentada por un servidor público de la Fiscalía. La providencia fue proferida en cumplimiento de una orden de sentencia de tutela emitida por la Sección Tercera, Subsección A del Consejo de Estado, que revocó la decisión de segunda instancia del 22 de julio de 2025 y ordenó emitir una sentencia de reemplazo.

Antecedentes de la controversia

El servidor público demandante solicitó la anulación del Oficio y Resolución que denegaron el reconocimiento de la bonificación judicial creada por el artículo 1° del Decreto 382 de 2013 como factor salarial para todos los efectos legales, y no solo para la base de cotización al Sistema General de Pensiones y Seguridad Social en Salud, como expresamente establece dicha norma. La demanda requirió que se ordenara a la Fiscalía General de la Nación reconocer, reliquidar y pagar las prestaciones sociales, cesantías e intereses causados desde el 1° de enero de 2013, incluyendo la bonificación judicial como factor salarial, con la respectiva indexación y pago de intereses moratorios. El Juzgado Administrativo Transitorio de Tunja, en primera instancia, declaró la nulidad de los actos administrativos que negaban el reconocimiento solicitado, inaplicó la expresión restrictiva del Decreto 382 de 2013 por ser inconstitucional para el caso concreto, y ordenó el pago de las prestaciones sociales incluyendo la bonificación judicial como factor salarial integral desde el 29 de noviembre de 2016. Además, declaró parcialmente probada la excepción de prescripción extintiva respecto de derechos anteriores a esa fecha.

Consideraciones jurídicas principales

El Tribunal reafirmó la competencia para conocer el recurso de apelación conforme a los artículos 153 y 247 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo (Ley 1437 de 2011). El problema jurídico central fue determinar si la bonificación judicial creada por el artículo 1° del Decreto 382 de 2013 debe considerarse factor salarial para todos los efectos legales o únicamente para efectos de cotización a pensión y salud, conforme al texto normativo. La Sala revisó el marco normativo constitucional y legal, incluyendo los artículos 25 y 53 de la Constitución Política, la Ley 4ª de 1992, el Código Sustantivo del Trabajo y convenios internacionales como el Convenio 95 de la OIT, que definen y protegen el concepto amplio de salario bajo el principio de la primacía de la realidad sobre las formas. Se destacó que la bonificación se percibe de manera habitual y periódica por el servidor público, constituyendo contraprestación directa por sus servicios, lo que encuadra su naturaleza salarial integral. El Tribunal aplicó la excepción de inconstitucionalidad para inaplicar la expresión restrictiva del Decreto 382 de 2013 que limita la bonificación judicial como factor salarial solo para efectos de cotización en salud y pensión, por ser contraria a los principios constitucionales de favorabilidad, irrenunciabilidad, y protección de los derechos laborales. Esta inaplicación se hizo con alcance inter partes y solo para el caso concreto. En cuanto a la prescripción, se confirmó la declaración parcial de la excepción de prescripción extintiva, reconociendo los derechos laborales causados dentro de los tres años anteriores a la reclamación administrativa presentada.

Decisión y efectos

El Tribunal Administrativo de Boyacá modificó la sentencia de primera instancia para precisar que la nulidad de los actos administrativos es parcial y se circunscribe exclusivamente a la situación jurídica del demandante. Confirmó en lo demás la sentencia apelada y no impuso condena en costas. En conclusión, se ordenó que la bonificación judicial debe ser reconocida como factor salarial para todos los efectos legales en la liquidación de prestaciones sociales de los servidores públicos de la Fiscalía General de la Nación, superando la limitación establecida en el Decreto 382 de 2013, en línea con los mandatos constitucionales y normativos vigentes. Esta decisión sienta un precedente importante para la protección de los derechos laborales de los servidores públicos y garantiza un trato justo en la liquidación de sus prestaciones sociales.