Contexto y naturaleza de la decisión

La providencia corresponde a una sentencia de segunda instancia proferida por la Sala de lo Contencioso Administrativo del Consejo de Estado, Sección Quinta, en ejercicio de su competencia para conocer recursos de impugnación contra sentencias dictadas por tribunales administrativos en acciones de cumplimiento. La decisión revoca la sentencia de primera instancia emitida el 11 de mayo de 2026 por el Tribunal Administrativo de Antioquia, que había negado las pretensiones de la acción de cumplimiento promovida contra el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MINCIENCIAS).

Antecedentes fácticos y procesales

La acción de cumplimiento fue instaurada en ejercicio del artículo 87 de la Constitución Política y la Ley 393 de 1997, con el fin de exigir el cumplimiento de las obligaciones establecidas en los términos de referencia y adendas de la Convocatoria 970 de 2025, convocada por el Ministerio para conformar un listado de proyectos de investigación, desarrollo tecnológico e innovación (I+D+i) susceptibles de acceder a beneficios tributarios, conforme a los artículos 256, 256-1 y 258 del Estatuto Tributario. La demandante alegó que el Ministerio incumplió el deber de publicar el listado definitivo de proyectos calificados y elegibles dentro del término fijado inicialmente –19 de diciembre de 2025– lo que generó incertidumbre jurídica y tributaria para los inversionistas que estructuraron sus planes con base en el cronograma oficial. Asimismo, solicitó que se ordenara al Ministerio cumplir con el cronograma y abstenerse de imponer condiciones no previstas expresamente en los términos de referencia. El Ministerio reconoció la modificación del cronograma inicial mediante diversas adendas, justificando las prórrogas en dificultades operativas como el desistimiento masivo de evaluadores externos y fallas técnicas en la plataforma de evaluación, hechos imprevisibles y ajenos a su control. Explicó que la publicación del listado definitivo fue reprogramada para el 24 de abril de 2026 y que el marco normativo vigente permite la aplicación del beneficio en declaraciones posteriores, dada la vigencia de los certificados fiscales. El Tribunal Administrativo de Antioquia negó las pretensiones, concluyendo que las modificaciones al cronograma estaban fundamentadas en causas legítimas y que el Ministerio no incumplió las disposiciones legales ni los términos de referencia, además de que ya se había publicado el listado preliminar de proyectos elegibles.

Consideraciones y fundamentos del Consejo de Estado

El Consejo de Estado analizó los presupuestos de procedibilidad de la acción de cumplimiento: la constitución en renuencia, la existencia de un deber legal o administrativo claro y exigible, la falta de otro medio judicial adecuado, y la no afectación de derechos que puedan protegerse por tutela. Se confirmó que la demandante agotó el requisito de constitución en renuencia, al solicitar formalmente el cumplimiento y recibir respuesta negativa o insuficiente por parte del Ministerio. También se estableció que el objeto de la acción involucraba normas con fuerza de ley y actos administrativos vigentes. No obstante, la Sala señaló que la controversia principal radica en la legalidad de las modificaciones al cronograma de la convocatoria, las cuales fueron formalizadas mediante adendas publicadas y fundamentadas en causas objetivas como fuerza mayor o caso fortuito. En este sentido, el asunto debe ser resuelto mediante la acción de nulidad y restablecimiento del derecho, que es el mecanismo judicial ordinario idóneo para controvertir actos administrativos de esta naturaleza. Así, el Consejo de Estado concluyó que la acción de cumplimiento es improcedente por falta del requisito de subsidiariedad, dado que existe otro medio judicial con competencia para resolver el litigio y no se acreditó un perjuicio grave e inminente que justifique una excepción a esta regla.

Decisión final

En consecuencia, la Sala revocó la sentencia de primera instancia y declaró improcedente la acción de cumplimiento contra el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Se ordenó notificar a las partes y devolver el expediente al tribunal de origen para los fines pertinentes. Esta decisión reafirma la importancia de respetar los medios procesales adecuados y la competencia de cada jurisdicción para la tutela de los derechos e intereses en el ámbito administrativo y tributario, especialmente en procesos complejos como la evaluación y selección de proyectos con beneficios fiscales. Con ello, se garantiza que los mecanismos judiciales sean utilizados conforme a su naturaleza y alcance, promoviendo seguridad jurídica y certeza en la gestión pública y en la inversión privada.